Jurusan Informatika UII memiliki empat laboratorium yang terletak di KH Mas Mansyur lantai 3 dan 4 dengan kapasitas beragam, mulai dari 20 hingga 48 komputer. Empat laboratorium terpadu Informatika FTI UII terdiri dari Laborarorium Pemrograman Data, Laboratorium Pemrograman Lanjut, Laboratorium Riset, dan Laboratorium Data dan Komunikasi.

Pengelola Laboratorium Informatika UII

• Taufiq Hidayat, ST, M.Cs. (Koordinator Laboratorium)
• Arrie Kurniawardhani, S.Si., M.Kom. (Kepala Lab. Pemrograman Dasar)
• Hanson Prihantoro Putro, S.T., M.T. (Kepala Lab.Pemrograman Lanjut)
• Moh. Idris, S.Kom., M.Kom. (Kepala Lab.Data dan Komunikasi)
• Dr. Yudi Prayudi, S.Si., M.Kom. (Kepala Lab.Riset)