PSIMed dipimpin oleh Kepala Pusat Studi (Kapus). Dalam menjalankan tugasnya, Kapus dibantu oleh seorang sekretaris merangkap bendahara. Ada tiga divisi di bawah PSIMed, yaitu:
- Divisi Pengabdian kepada Masyarakat, bertugas melakukan diseminasi hasil penelitian atau pengembangan teknologi ke masyarakat.
- Divisi Penelitian & Pengembangan, bertugas melakukan koordinasi dengan Klaster Informatika Medis Program Sarjana dan Konsentrasi Informatika Medis Program Magister terkait pelaksanaan riset dan inovasi teknologi informasi untuk membantu penyelesaian masalah kesehatan di masyarakat.
- Divisi Humas & Kerjasama, bertugas memberikan informasi kepada masyarakat terkait aktivitas PSIMed dan melakukan inisiasi kerjasama dengan mitra baik di dalam maupun di luar UII.
Struktur organaisasi PSIMed selengkapnya dapat dilihat pada Gambar 1.
