PSIMed dipimpin oleh Kepala Pusat Studi (Kapus). Dalam menjalankan tugasnya, Kapus dibantu oleh seorang sekretaris merangkap bendahara. Ada tiga divisi di bawah PSIMed, yaitu:

  1. Divisi Pengabdian kepada Masyarakat, bertugas melakukan diseminasi hasil penelitian atau pengembangan teknologi ke masyarakat.
  2. Divisi Penelitian & Pengembangan, bertugas melakukan koordinasi dengan Klaster Informatika Medis Program Sarjana dan Konsentrasi Informatika Medis Program Magister terkait pelaksanaan riset dan inovasi teknologi informasi untuk membantu penyelesaian masalah kesehatan di masyarakat.
  3. Divisi Humas & Kerjasama, bertugas memberikan informasi kepada masyarakat terkait aktivitas PSIMed dan melakukan inisiasi kerjasama dengan mitra baik di dalam maupun di luar UII.

Struktur organaisasi PSIMed selengkapnya dapat dilihat pada Gambar 1.