Jurusan Informatika UII memiliki empat laboratorium yang terletak di KH Mas Mansyur lantai 3 dan 4 dengan kapasitas beragam, mulai dari 20 hingga 48 komputer. Empat laboratorium terpadu Informatika FTI UII terdiri dari Laborarorium Pemrograman Data, Laboratorium Pemrograman Lanjut, Laboratorium Riset, dan Laboratorium Data dan Komunikasi.

Pengelola Laboratorium Informatika UII

• Dr. Syarif Hidayat, S.Kom., M.I.T. (Kepala Lab. Sistem Siber)
• Izzati Muhimmah, S.T., M.Sc., Ph.D. (Kepala Lab. Multimedia dan Visi Komputer)
• Chandra Kusuma Dewa, S.Kom., M.Kom., Ph.D. (Kepala Lab. Informatika Teori dan Sistem Cerdas)
• Dr. Novi Setiani, S.T., M.T. (Kepala Lab. Sistem Informasi dan Rekayasa Perangkat Lunak)